2025 Workshop en Modelamiento de Sistemas Biológicos
El repressilator no es el único circuito biológico que exhibe oscilaciones. Para esta tarea, escriba las ecuaciones químicas, encuentre las ecuaciones de nullclines (de ser posible; caso contrario, mencionar por qué no se pudieron encontrar), simule las trayectorias en el tiempo de uno de los siguientes modelos:
• Dual-feedback: Imaginemos dos factores de transcripción ($Y$ y $Z$), donde uno inhibe la transcripción del otro, mientras que este último activa la transcripción del primero. Es decir, $Y$ inhibe a $Z$, mientras que $Z$ activa a $Y$.
• Pulsador: Replique la Figura 2 - Panel B del siguiente artículo: click aquí.
Oscilador utilizando recombinasas: Replique la Figura 4 - Panel A del siguiente artículo: click aquí.
Importante: Las simulaciones realizadas son estocásticas.
Proponga un diseño, verificado con simulaciones determinísticas, de un sistema biestable o un oscilador basado en reacciones de secuestramiento molecular.
Escribir la matriz de estequiometría, la matriz de probabilidades y realizar las simulaciones estocásticas correspondientes de una de las reacciones listadas en la tarea D2_1. Si elegió el oscilador utilizando recombinasas, replique la Figura 4 - Panel B o Panel C del siguiente artículo:click aquí